复旦宗教学研究起步较早，从一开始就以多个宗教传统为研究对象，形成了以比较宗教研究为重的方法特色。另外，宗教学研究发展始终依托哲学系，注重从思想史和哲学史发展的角度来研究宗教经典和宗教现实问题。1964年，毛泽东主席指出要研究宗教问题，复旦哲学系根据校党委领导传达的指示精神，做了非常认真的师资准备，在全国率先开设了三大宗教（佛教、基督教、伊斯兰教）的选修课，成为建国以来最早开设宗教学课程的系所之一。师资方面，由严北溟先生为本科生、研究生和留学生开设佛教哲学和佛教史的课程，并请来华东师范大学基督教专家徐怀启为哲学系本科生、研究生和部分教师开设“基督教史”专题课。伊斯兰教课程由于时局变化而未能开设。

1984年12月，宗教学研究室成立，最初成员为胡景钟教授和两位毕业留校的研究生王雷泉和邵一诞。1985年-1990年，复旦开设了全国首家国家宗教干部专修科和宗教人士培训班，学制两年，总共开设了三届，为宗教专业的持续发展争取了资源。从1993年开始，宗教学方向的博士生放在中哲、西哲专业里开始招生培养，1998年成立硕士点，1999年宗教学本科专业成立，于次年开始招收学生。2001年，宗教学设立博士点，同年成立宗教研究所，王雷泉教授任所长。2008年宗教学系正式成立，复旦宗教学学科教研实力有了显著的提升。在科研机构方面，依托宗教学系，学科陆续创设了徐光启-利玛窦文明对话研究中心（简称“利徐学社”）、复旦佛教研究团队（FDTBS）等科研机构。2014年，宗教学学科在研究生培养方面又有了新的突破，招收了第一届MPA宗教管理专业硕士；设立了“中国宗教”英文硕士项目。目前，宗教学专职教学队伍已达10人，其中教授6人，副教授4人。

宗教学学科的研究强调宗教学自身的发展规律，目前主要在经典文献、历史研究、宗教哲学与社会科学等四个层面展开，形成了复旦特色的宗教学教学体系。未来，复旦宗教学系将有效整合研究力量，超越传统的各大宗教研究模式，在中国宗教传统与亚伯拉罕传统宗教两大模式下展开对宗教传统的跨学科研究，推进新的宗教研究格局，围绕“建构中国宗教学体系及其多样性研究”、“佛教哲学研究”、“西方宗教与亚伯拉罕宗教传统研究”等三个课题方向展开深入研究。

宗教学学科的研究方向有：宗教哲学、宗教学原理、基督教、佛教、伊斯兰教、中国宗教史、宗教社会学、宗教人类学、因明学等。