该中心成立于1996年3月，主任是复旦大学哲学学院的张庆熊教授，副主任是复旦大学美国研究中心的徐以骅教授。

以弘扬人文精神和终极关怀为目标，搞好复旦大学哲学系宗教专业的本科生、硕士生和博士生的基督教的教学，整合复旦大学各院系基督教研究的力量，拓展与国内和海外学术机构和学者的联系，是该中心的宗旨。作为一所综合性的大学，其基督教的教学和研究自然有不同于基督教神学院的特点。我们不像神学院以培养学生的宗教信仰和宣教布道的能力为主，而是以学术研究为主，并希望通过基督教的教学和研究，促进师生人文精神的发展，确立其终极关怀和为社会服务的献身精神。

复旦大学在基督教研究方面有着良好的传统。尹大贻教授早在六十年代即开设了有关基督教的课程，并在80年代出版了在此领域开风气之先《基督教哲学》的专著，在国内很有影响。目前该中心的研究课题涉及基督教神学、圣经研究、中国基督教教会史、中国教会大学史、犹太教研究、美国宗教、宗教伦理学、宗教社会学、宗教对话等领域，并培养了大批高质量的基督教研究人才。

2010年以复旦大学基督教研究中心为主，联合国内其他研究机构及基督教界的一些著名学者编撰的《基督教大词典》在上海辞书出版社出版。《基督教大辞典》编纂工作源于1997年，历时13年，本着尊重历史和现状，客观、全面、系统介绍的宗旨，从收词到成稿，广泛征求意见，反复修改，是任继愈主编《宗教大辞典》后的又一部大型宗教专科工具书，是对近30年来相关研究的一次总结。该词典与国内同类辞书相比，具有涵盖面广、专业化程度高等特点。全书收词7500余条，约258万字，正文分为总论、教派、人物、著作等十三个大类。该辞典荣获第十二届（2009-2011年度）上海图书奖一等奖。

2002年出版《西方宗教哲学文选》一书。这文选原是复旦大学哲学系主任胡景钟教授在数十年前组织本系博士生和青年教师翻译的，当时因故未能出版。在新形势下，为了教学的需要，张庆熊教授联合朱晓红博士、陈涯倩博士对此进行增补、修订、校对，统一体例与译名。该文选适合作为大学宗教哲学课程的参考教材。2014年出版《当代哲学经典》（宗教卷）。这是继《西方宗教哲学文选》又一本最新的适合作为大学宗教哲学课程的参考教材。

2002年，由徐以骅和张庆熊主编的《基督教学术》集刊第一辑得以面世。该丛刊反映了复旦大学基督教研究的部分成果。作者不仅有复旦师生，还有部分海内外的宗教学者，文章主题广涉神学与哲学的关系、中国文化与基督宗教的比办的一份“以书代刊”的刊物。第一至第七辑在上海古籍出版社出版，自第八辑起由上海三联书店出版，至今已出版到第二十四辑，从第十六辑开始被评为CSSCI辑刊。